L’Archivio comprende documentazione e scritti di carattere orientalistico provenienti dalla biblioteca personale di mons. Vattioni. Le varie fonti sono classificate all'interno del Sistema bibliotecaroio e documentale d’Ateneo (il Catalogo generale dell’Università Cattolica), ma nella segnatura dei singoli volumi è indicata espressamente la loro appartenenza all’Archivio  Vattioni, nel quale si trovano di fatto; non sono disponibili al prestito ma alla sola consultazione, su appuntamento. Questo per garantirne sempre l'immediata disponibilità.

Le sezioni tematiche. Si è scelto di suddividere questo ricco fondo librario e documentario all’incirca in una ventina di sezioni tematiche, sulla base della natura dei volumi. Le sezioni riprendono la denominazione dei vari settori scientifico-disciplinari dell’orientalistica, con alcune importanti integrazioni. In ordine alfabetico si succedono quindi: storia, arte e archeologia del Vicino Oriente antico, assiriologia, anatolistica, ebraistica e semitistica, studi neotestamentari, islamologia e arabistica, religioni del mondo classico e vicino-orientale, letterature e civiltà classiche, e antichità africane. A sé stanno le sezioni degli strumenti, cioè enciclopedie e dizionari, periodici, opuscoli ed estratti. Similmente sono state riunite a parte le varie collezioni che Vattioni possedeva, per facilitarne la reperibilità.

Particolare interesse rivestono tre sezioni speciali. Una, suddetta, riguarda le numerose tesi di laurea seguite da Vattioni. Un’altra contiene i suoi stessi scritti, cioè monografie e contributi vari, da lui conservati e ora qui disponibili. Un’ultima sezione raccoglie note e appunti personali, con materiale relativo a studi pubblicati, ma anche lavori semplicemente abbozzati. Di speciale interesse sono anche le numerose annotazioni dello studioso circa qualche testo studiato. In un secondo tempo, semmai, le si potrà catalogare con una schedatura specifica, che ne descriva brevemente il contenuto.