Le modalità. La Biblioteca Montagnini dipende dal Dipartimento di Scienze storiche e filologiche. Essa raccoglie tutti i volumi donati dall’illustre studioso cui è intitolata: sono classificati all'interno del Catalogo generale del Sistema bibliotecario e documentale di Ateneo, ma nella segnatura dei singoli volumi è indicata la loro appartenenza alla Biblioteca Montagnini, nella quale di fatto si trovano. Non sono disponibili al prestito ma alla sola consultazione, previo appuntamento. Trattandosi perlopiù di volumi a servizio della didattica e della ricerca, se ne vuole così garantire sempre l'immediata disponibilità.

Le sezioni tematiche. Questo ricco patrimonio librario è stato suddiviso in una ventina di sezioni tematiche, sulla base della natura dei volumi, per facilitare l'individuazione dei libri anche con uno sguardo sommario, pur essendo anche regolarmente catalogati.

Le sezioni si succedono in ordine progressivo. Precedono quelle relative al testo biblico, con le introduzioni e il testo stesso della Bibbia ebraica, del greco dei Deuterocanonici e del NT, e delle principali versioni antiche.

In un secondo gruppo sono comprese le sezioni degli strumenti fondamentali per lo studio delle fonti (lessici, concordanze, grammatiche e dizionari), e in un terzo le introduzioni letterarie alla Bibbia e i commentari.

Altre sezioni riguardano le discipline complementari: archeologia, geografia, storia e teologia biblica, con la letteratura del periodo intertestamentario, gli Apocrifi del NT, i materiali gnostici, la prima letteratura d'epoca rabbinica e gli studi sul contesto storico-culturale del NT.

Un quinto gruppo raccoglie le sezioni sull'ermeneutica, con la storia dell'interpretazione, la metodologia esegetica e gli interventi del Magistero sulla Bibbia; un ultimo ambito è dedicato alle Miscellanee e ai volumi celebrativi (Festschriften).

Sezioni speciali. A parte stanno due sezioni speciali. Una, predetta, riguarda gli studi monografici sugli Atti degli Apostoli e le Lettere paoline, oggetto delle attenzioni principali di Montagnini; l’altra contiene note e appunti personali, col materiale relativo a studi pubblicati, ma anche lavori rimasti incompiuti o semplicemente abbozzati. Di speciale valore le numerosissime annotazioni manuali di Montagnini relative a qualche passo specifico.